DépartagerDecide between plusieurs outils résolvant le même problèmeseveral tools solving the same problem
AccélérerSpeed up un traitement qui ne tient plus la chargea computation that no longer copes with the load
Rendre applicableMake applicable un problème biologique réela real biological problem

Avancement

Progress

PLO3S#ComputerVision#ProteinSurface#HPC

6 faites · 1 en cours · 1 à venir6 done · 1 ongoing · 1 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

ColorDocking#DrugDesign#RNA#Combinatoire

6 faites · 2 en cours · 1 à venir6 done · 2 ongoing · 1 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

Vulgarisation#Vulgarisation#Montage

4 faites · 1 en cours · 3 à venir4 done · 1 ongoing · 3 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

Court métrage#Fiction#Écriture

0 faites · 1 en cours · 2 à venir0 done · 1 ongoing · 2 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

Dernier commit · 10/10/2026 · dépôt privéLast commit · 2026-10-10 · private repository

Actualités

News

  • 2026-10-10SHRECEn coursOngoingCampagne SHREC 2027 en préparation.SHREC 2027 campaign in preparation.
  • 2026-10-10PaperEn coursOngoingÉcriture d'un manuscrit d'évaluation de méthodes du consortium ANR GRADIENT (Le Cnam, Sorbonne Université, Université de Lyon, CGI) sur benchmark SHREC 2025.Writing a method-evaluation manuscript for the ANR GRADIENT consortium (Le Cnam, Sorbonne Université, Université de Lyon, CGI) on the SHREC 2025 benchmark.
  • 2026-09-10PLO3SEn coursOngoingCampagne de production lancée sur benchmark SHREC 2025 : plus de 20 millions de paires à comparer.Production run started on the SHREC 2025 benchmark: over 20 million pairs to compare.
  • 2025-11-18SHRECTerminéCompletedRapport publié en accès libre dans Computers & Graphics.Report published open access in Computers & Graphics.

Que fait une protéine, et qui peut nous le dire ?

What does a protein do, and who can tell us?

État des travaux

Work

En cours · depuis 2024Ongoing · since 2024

Campagnes de benchmarking internationales · protein shape retrieval

International benchmarking campaigns · protein shape retrieval

15méthodesmethods
9équipesteams
11 500objets de testtest objects
97catégoriescategories
Domaine
Field
Vision par ordinateur appliquée aux protéines 3D.
Computer vision applied to 3D proteins.
Usage
Use
Classer des protéines par leur forme pour retrouver des familles que la séquence ne révèle pas.
Classifying proteins by shape to recover families that sequence does not reveal.
But
Goal
Évaluer des méthodes, avec et sans apprentissage automatique, sur un jeu de référence commun, pour identifier leurs forces et leurs faiblesses.
Evaluating methods, with and without machine learning, on a shared reference set, to identify their strengths and weaknesses.
Résultat
Outcome
Protocole, jeu de référence et métriques publiés en accès libre.
Protocol, reference set and metrics published open access.
Participants
Participants
Neuf équipes en Allemagne, Chine, États-Unis, France, Italie et Japon, dont un éditeur logiciel industriel.
Nine teams in China, France, Germany, Italy, Japan and the United States, one of them an industrial software vendor.
Fait
Done
Campagne SHREC 2024
SHREC 2024 campaign
Fait
Done
Campagne SHREC 2025
SHREC 2025 campaign
En cours
Ongoing
Évaluation de méthodes via le consortium ANR GRADIENT
Method evaluation through the ANR GRADIENT consortium
En préparation
In preparation
Campagne SHREC 2027
SHREC 2027 campaign

SHREC 2025, Computers & Graphics 132, 104394 (2025), auteur correspondant : doi.org/10.1016/j.cag.2025.104394. SHREC 2024, 3DOR / Eurographics, premier auteur, 52 cas de référence.

SHREC 2025, Computers & Graphics 132, 104394 (2025), corresponding author: doi.org/10.1016/j.cag.2025.104394. SHREC 2024, 3DOR / Eurographics, first author, 52 reference cases.

En cours · depuis 2025In progress · since 2025

Remettre en exécution un logiciel académique

Bringing an academic tool back into service

~1,1 Tode donnéesof data
~20 Mpaires d'objets comparéesobject pairs compared
~10jours de calcul continudays of continuous computation
Domaine
Field
Vision par ordinateur appliquée aux protéines 3D.
Computer vision applied to 3D proteins.
Usage
Use
Reconnaître des ressemblances locales de surface pour identifier des homologues distants, dont la séquence a divergé mais dont la forme s'est conservée.
Recognising local surface similarities to identify distant homologues, whose sequence has diverged but whose shape is conserved.
But
Goal
Remettre à plat et en exécution le logiciel d'origine, le rendre reproductible, et lui faire traiter un jeu qu'il ne pouvait pas charger en mémoire.
Rebuilding the original tool, getting it to run, making it reproducible, and having it process a dataset it could not load into memory.
Départ
Starting point
Logiciel académique publié, code public, absence de reproductibilité.
Published academic software, public code, not reproducible.
Collaboration
Collaboration
Matthieu Montès (CQSB, Sorbonne Université), Nathalie Lagarde (GBCM, Cnam). Projet ANR GRADIENT.
Matthieu Montès (CQSB, Sorbonne Université), Nathalie Lagarde (GBCM, Cnam). Projet ANR GRADIENT.

6 faites · 1 en cours · 1 à venir6 done · 1 ongoing · 1 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

Fait
Done
Calcul porté sur carte graphique : échanges avec le processeur et gestion mémoire
Computation moved to the graphics card: exchanges with the processor and memory handling
Fait
Done
Nettoyage du code source : paramètres extraits du code, code mort supprimé
Source cleanup: hard-coded parameters extracted, dead code removed
Fait
Done
Tests de non-régression, résultats identiques au bit près
Regression tests, bit-for-bit identical results
Fait
Done
Reprise du calcul après interruption
Computation resumes after an interruption
Fait
Done
Comparaison d'un sous-ensemble contre la base entière
Comparison of a subset against the whole database
Fait
Done
Portage en C++ de modules défaillants et/ou ne passant pas à l'échelle
C++ port of modules that fail and/or do not scale
En cours
Ongoing
Campagne d'évaluation méthodologique
Methodological evaluation campaign
À venir
Planned
Documentation, licence, fichier de citation
Documentation, licence, citation file

PLO3S. Méthode d'origine : doi.org/10.1016/j.csbj.2023.12.002. Code d'origine : github.com/Lea1453/PLO3S. Réécriture menée au Cnam, publication en préparation.

PLO3S. Original method: doi.org/10.1016/j.csbj.2023.12.002. Original code: github.com/Lea1453/PLO3S. Rewrite carried out at Cnam, paper in preparation.

Publié · 2024Published · 2024

Trouver la meilleure combinaison sans les énumérer toutes

Finding the best combination without enumerating them all

~500 Massemblages possiblespossible assemblies
7cas de validationvalidation cases
~10 spar exécutionper run
Domaine
Field
Algorithmique combinatoire appliquée aux fragments moléculaires.
Combinatorial algorithms applied to molecular fragments.
Usage
Use
Concevoir des ligands ARN fragment par fragment, y compris sur des protéines qui ne lient pas l'ARN nativement, comme alternative immunologique aux anticorps.
Designing RNA ligands fragment by fragment, including on proteins that do not natively bind RNA, as an immunological alternative to antibodies.
But
Goal
Contourner le goulot de l'énumération brute, qui devient impraticable dès que le problème grandit.
Getting around the brute-force enumeration bottleneck, which becomes impractical as soon as the problem grows.
Résultat
Outcome
Coût proportionnel au nombre de candidats au lieu d'exploser, optimum retrouvé 97 à 100 fois sur 100 pour une tolérance fixée à 1 %.
Cost proportional to the number of candidates instead of exploding, optimum recovered in 97 to 100 runs out of 100 for a tolerance set at 1%.
Collaboration
Collaboration
Isaure Chauvot de Beauchêne (LORIA, Inria Nancy), Yann Ponty (LIX, CNRS), Fabrice Leclerc (I2BC, CNRS). Travaux financés par la Fondation Vaincre Alzheimer.
Isaure Chauvot de Beauchêne (LORIA, Inria Nancy), Yann Ponty (LIX, CNRS), Fabrice Leclerc (I2BC, CNRS). Travaux financés par la Fondation Vaincre Alzheimer.

6 faites · 2 en cours · 1 à venir6 done · 2 ongoing · 1 plannedmis à jour le 2026-10-10updated 2026-10-10

Fait
Done
Conception de l'algorithme
Algorithm design
Fait
Done
Implémentation en C et Python
C and Python implementation
Fait
Done
Validation contre l'énumération exhaustive
Validation against exhaustive enumeration
Fait
Done
Jeu de tests de non-régression
Regression test suite
Fait
Done
Publication et code ouvert
Publication and open code
Fait
Done
Méthode éprouvée sur benchmark, 2024
Method validated on a benchmark, 2024
En cours
Ongoing
Audit du code source
Source code audit
En cours
Ongoing
Nouveau benchmark à plus grande échelle
New benchmark at larger scale
À venir
Planned
Évaluation sur benchmark plus complet
Evaluation on a more complete benchmark

ColorDocking. RECOMB 2024, LNCS 14758, Springer, premier auteur : doi.org/10.1007/978-1-0716-3989-4_10. Code : gitlab.com/ycbtaher/colordocking, dépôt actif ; gitlab.inria.fr/amibio/colordocking, dépôt institutionnel non maintenu.

ColorDocking. RECOMB 2024, LNCS 14758, Springer, first author: doi.org/10.1007/978-1-0716-3989-4_10. Code: gitlab.com/ycbtaher/colordocking, active repository; gitlab.inria.fr/amibio/colordocking, institutional repository, no longer maintained.

Encadrement de travaux

Work supervised

Faire mener un travail par quelqu'un d'autre, jusqu'à la publication et au livrable.

Having work carried out by someone else, through to publication and delivery.

En cours · rédaction du manuscritIn progress · manuscript being written

Une nouvelle méthode de comparaison de surfaces protéiques

A new method for comparing protein surfaces

Domaine
Field
Vision par ordinateur appliquée aux protéines 3D.
Computer vision applied to 3D proteins.
Usage
Use
Reconnaître des ressemblances locales de surface pour identifier des homologues distants, dont la séquence a divergé mais dont la forme s'est conservée.
Recognising local surface similarities to identify distant homologues, whose sequence has diverged but whose shape is conserved.
But
Goal
Nouvel algorithme, avec une implémentation fondée sur l'IA.
A new algorithm, with an AI-based implementation.

DOTSS. Manuscrit en préparation.

DOTSS. Manuscript in preparation.

Publications

Publications

6

Des méthodes et des protocoles d'évaluation relus par des tiers, chacun ouvrable par son DOI.

Methods and evaluation protocols reviewed by third parties, each one openable by its DOI.

AnnéeYearTitre, auteurs et sourceTitle, authors and source
2026Physicochemical and Structural Determinants of BACE1-Selective Inhibition: An Integrative Modeling Study Using a Combined Ligand- and Structure-Based ApproachNabeneza-Lauret M., Yacoub T. et al. · ChemRxiv · doi.org/10.26434/chemrxiv.15005662PréprintPreprintTravaux en coursWork in progress
2025SHREC 2025: Protein surface shape retrieval including electrostatic potentialYacoub T. et al. · Computers & Graphics 132, 104394 · doi.org/10.1016/j.cag.2025.104394PubliéPublished
2025Engineering SIRPα conformational plasticity to reveal a cryptic pocket suitable for structure-based drug designStorder M. et al. · bioRxiv · doi.org/10.64898/2025.12.10.693509PréprintPreprintEn évaluationUnder review
2024Color coding for the fragment-based docking, design and equilibrium statistics of protein-binding ssRNAsYacoub T. et al. · RECOMB 2024, LNCS 14758, Springer · doi.org/10.1007/978-1-0716-3989-4_10PubliéPublished
2024SHREC 2024: Non-rigid complementary shapes retrieval in protein-protein interactionsYacoub T. et al. · 3DOR / Eurographics · doi.org/10.2312/3dor.20241173PubliéPublished
2020Synthesis and evaluation of the antibacterial activities of 13-substituted berberine derivativesOlleik H., Yacoub T. et al. · Antibiotics 9(7):381 · doi.org/10.3390/antibiotics9070381PubliéPublished

Liste complète, communications et posters compris : ORCID 0009-0006-1542-1264

Full list, including talks and posters: ORCID 0009-0006-1542-1264

Domaines d'intervention

Areas of work

Comment départager plusieurs outils qui répondent à la même question ?

How can several tools answering the same question be ranked?

Protocole
Protocol
Critères arrêtés et figés par écrit avant le premier essai, avec définition des métriques d'évaluation communes. Constitution et documentation du jeu de test. Exécution de chaque candidat dans des conditions identiques. Rapport comparatif et résultats rejouables par un tiers.
Criteria agreed and frozen in writing before the first run, with shared evaluation metrics defined. A test set built and documented. Every candidate run under identical conditions. A comparative report and results a third party can replay.

Comment remettre en service un traitement qui ne passe plus à l'échelle ?

How can a computation that no longer scales be brought back into service?

Protocole
Protocol
Mesure de l'existant : où passe le temps, comment le coût croît avec la taille des données. Identification du goulot. Correction ou réécriture. Mesure finale dans les mêmes conditions. Tests garantissant que le résultat n'a pas changé.
Measurement of what exists: where the time goes, how cost grows with data size. The bottleneck identified. Fix or rewrite. Final measurement under the same conditions. Tests guaranteeing the result has not changed.

Comment traiter un problème dont le coût de calcul explose ?

How can a problem be handled when its computing cost explodes?

Protocole
Protocol
Formalisation du problème. Choix d'une technique adaptée. Implémentation. Validation contre la méthode exhaustive ou de référence, sur les cas où elle reste exécutable.
The problem formalised. A suitable technique chosen. Implementation. Validation against the exhaustive or reference method, on the cases where it can still be run.

Savoir-faire

Practice

CalculComputing
Serveurs de calcul mutualisésShared computing clustersCC++PythonUnixOpenCLSnakemakeGit
DonnéesData
BenchmarkingQAQATests de non-régressionRegression testingBase de données SQLSQL databases
Modélisation 3D3D modelling
Criblage moléculaireMolecular screeningFragments moléculairesMolecular fragmentsProtein shapeRelation structure-activitéStructure-activity relationship
RédactionWriting
RapportsReportsDocumentationSpécificationsSpecificationsLivrables de projet financéFunded-project deliverables
VidéoVideo
DaVinci Resolve StudioAfter Effects

Enseigner un métier à ceux qui y viennent par un autre chemin.

Teaching a trade to those who come to it by another route.

Enseignement

Teaching

AnnéeYearEnseignement et publicCourse and audienceCoursLecturesTD/TPLabsExamenExamHeuresHours
2026Mathématiques et bureautique · 1re année DSP numérique, CnamMathematics and office computing · first year, DSP digital programme, CnamCalculComputingouiouioui81,5 h81.5 h
2025Programmation C · 1re année DSP numérique, CnamC programming · first year, DSP digital programme, CnamCalculComputingouiouioui49 h49 h
2024Ingénierie logicielle appliquée · master, University of Windsor, à distanceApplied software engineering · master's, University of Windsor, remoteMéthodeMethodnonouinon60 h60 h
2024Modélisation moléculaire et conception de médicaments · master, CnamMolecular modelling and drug design · master's, CnamModélisation 3D3D modellingouinonnon15 h15 h
2022Chimie médicinale et modélisation · 3e année de pharmacie, Paris-SaclayMedicinal chemistry and modelling · third year of pharmacy, Paris-SaclayModélisation 3D3D modellingnonouioui64 h64 h
Total depuis 2022Total since 2022269,5 HED269.5 HED

Qualifié aux fonctions de maître de conférences en informatique, section 27 du CNU (2026).

Qualified for associate professor posts in computer science, CNU section 27 (2026).

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